В середине шестнадцатого века герцог Козимо Медичи повелел архитектору Джорджо Вазари составить проект здания, в котором должны были разместиться государственные чиновники во главе с самим заказчиком. Вазари составил смету для будущих «офисов» (а именно так переводится слово «uffizi» с итальянского языка) и выбрал место – между рекой Арно, рассекающей Флоренцию надвое, и площадью Синьорино. На постройку двух объединённых зданий ушло больше десяти лет. С 1560 до 1574 года ею занимался сам Вазари, а после его смерти работу над проектом завершал не менее талантливый и известный в то время Бернандо Буонталенти.
Долгое время в зданиях действительно размещались административные помещения и приемные покои. Годом же основания галереи условно считают 1581, когда наследник Козимо, Франческо I, разместил в комнатах верхних этажей коллекцию произведений искусства, принадлежавших династии Медичи. В это время Медичи были сильны, как никогда – с 1434, когда Козимо ди Джованни впервые стал единоличным управителем Флоренции, Медичи становились всё влиятельнее.
В восемнадцатом столетии, с угасанием рода, их власть постепенно сошла на нет; однако до этого времени семья, члены которой покровительствовали искусствам и имели тонкий художественный вкус, успела собрать богатейшую коллекцию. Слава и щедрость меценатов Медичи притягивала во Флоренцию цвет итальянского Возрождения – поэтов и философов, скульпторов и архитекторов. Под их покровительством работали столпы Ренессанса – Леонардо да Винчи, Микеланджело Буонарроти, Сандро Боттичелли.
В начале семнадцатого века во всей Италии не было коллекции, которая своим богатством превзошла бы собрание флорентийских правителей. А тем временем Бернандо Буонталенти продолжал работать над «офисами», и под чутким руководством его и герцога Франческо здания постепенно приобретали современный облик – обустраивались залы, были застеклены террасы. Административные помещения превращались в настоящую галерею, и в это время глава католической церкви Пий V прислал в подарок для Уффици несколько шедевров Ватикана, которые священнослужители признали слишком непристойными для своего собрания.
Официально галерея была открыта для посетителей в 1591 году - для состоятельных граждан города был разрешен доступ в отдельные залы «офисов». Так, Уффици стала первым музеем, где публике были открыты королевские собрания – большинство европейских стран пошли на такой шаг спустя два, а то и три столетия. В течение следующих лет все представители рода Медичи считали за честь служить на благо искусству, расширяли и систематизировали собрание, обменивались с другими монархами, с благодарностью принимали подарки и не скупились на аукционах.
В 1737 году коллекция перешла в Уффици стала первым музеем, принимая такое решение, последняя из рода Медичи, Анна Мария Людовика пожелала, чтобы экспонаты никогда не вывозились за пределы Тосканы. Увы, ее пожеланию не суждено было сбыться. Наполеон, захватив Италию, вывез только «Венеру Медичи» (и после его падения она вскоре была возвращена). Однако в двадцатом веке фашисты, не церемонясь, развезли по своим частным владениям почти всю коллекцию, и вернуть всё на круги своя удалось лишь в конце войны.
Сейчас Уффици располагает богатейшим собранием памятников искусства итальянского Возрождения и огромной коллекцией итальянской – в особенности флорентийской – живописи от Средних веков до девятнадцатого столетия. Ежегодно эти шедевры привлекают в галерею до полутора миллионов посетителей. Помимо организации экспозиций, музей активно занимается научной и исследовательской деятельностью; в его стенах искусствоведы трудятся в хранилищах и библиотеках, а молодые художники, скульпторы и реставраторы занимаются научно-реставрационными работами.